健康保険の保険料は、被保険者の報酬（給料）や賞与（ボーナスなど）の額に応じて決められます。
保険料には、すべての被保険者を対象とした一般保険料（健康保険料）と40歳～64歳の人が対象の介護保険料があります。
保険料の計算の基となる給料には、基本給のほか、残業手当なども含まれています。しかし、私たちの報酬は人により千差万別であるため、毎月の保険料の計算が大変面倒なことになります。
そこで、「標準報酬月額」という仮の報酬額を定め、各人の実際の報酬をそれに当てはめて簡単に保険料の計算ができるようにしています。「標準報酬月額」は最低5万8,000円から最高139万円まで、50等級に分けられています。
「標準報酬月額」は毎年1回、その年の4月、5月、6月の3か月間の報酬を基礎にして決められます。決定した「標準報酬月額」は原則として、その年の9月から翌年8月まで使われます。
定期昇給などで、毎月の報酬に大幅な変動（継続した3カ月間に受けた報酬の平均額が、現在の標準報酬月額に比べて2等級以上の差）があったときは、その月の翌月より標準報酬月額が改定されます。
賞与などからの保険料は、「標準賞与額」を基に計算されます。「標準賞与額」とは、1回の賞与などの支給額から1,000円未満を切り捨てたものです。ただし、年間を通じて573万円の上限があり、それ以上の金額については保険料がかかりません。
基本給、諸手当（残業手当、通勤手当、住宅手当、家族手当、役付手当、勤務地手当、日・宿直手当、勤務手当、能率手当、精勤手当など）
賞与（役員賞与も含む）、ボーナス、期末手当、年末手当、夏（冬）手当、越年手当、勤勉手当、繁忙手当、年末一時金など
毎月の保険料は「標準報酬月額」に、賞与などの保険料は「標準賞与額」にそれぞれの1000分のいくつという割合で決められます。この割合を「保険料率」といいます。こうして決められた保険料は、被保険者と事業主が共同して負担します。
健康保険組合の一般保険料率は、1000分の30から130まで（30%から130%まで）の間で、その健康保険組合の財政状況に応じて、自主的に組合会で決定することが認められています。
毎月の保険料は給料から差し引かれます。これは法律で事業主に保険料の納付が義務付けられており、給料から差し引くことが許されているからです。
保険料は月単位で計算され、加入が月の途中からであっても1か月分の保険料が翌月の給料から徴収されます。その代わり退職した月の保険料は徴収されません。ただし、月の末日に退職した場合、翌月の1日が資格喪失日となりますので、その月分の保険料は徴収されます。
賞与などについては、支払い時に保険料が徴収されます。
海外勤務の被保険者も保険料を納めることになります。なお、外国での病気やケガの治療費の取り扱いは国内の給付と同様ですが、立て替え払い方式（療養費払い）で、あとから払い戻されます。
介護保険の実施に伴い、40歳～64歳の被保険者は介護保険の第2号被保険者として介護保険料を納めることになっています。
育児・介護休業法に基づいて産前産後休業および育児休業をとった場合、休業期間中は申請により被保険者本人負担分の保険料の支払いが免除されます。
育児・介護休業法で規定されている育児休業期間は、原則として子どもが1歳に達するまでとなっており、1歳以後に保育所に入れない等の一定の理由があるときに、子どもが1歳6ヶ月に達するまで延長することができることになっていました。平成29年10月の改正から、1歳6ヶ月以後も保育所に入れない等の一定の理由があるときに、子どもが2歳に達するまで再度延長できることになりました。
短期の育児休業に対応するため、休業開始月とその終了する日の翌日が属する月とが同じで、かつ、育児休業の日数が14日以上である場合でも、当該月の保険料が免除されます。
なお、賞与における保険料の免除は、休業期間が1か月を超える場合に免除の対象になります。
法律では、高額の医療費が発生したり、財政窮迫の状態に陥った健康保険組合に対し、健康保険組合間での財政調整（再保険）を行うことが決められており、この財源として各健康保険組合は「調整保険料」を徴収し、これを健保連（健康保険組合連合会）に拠出することになっています。
75歳（一定の障害があると申請し、認定を受けた人は65歳）以上の人を対象とする後期高齢者医療制度の財源は、後期高齢者医療の被保険者が納付する保険料が約1割、公費から約5割、残りの約4割を国民健康保険や、健康保険組合などの被用者保険が後期高齢者支援金として拠出することになりました。後期高齢者支援金は、すべての医療保険の加入者に応じた按分比や総報酬に応じた按分費で負担することになります。
65歳～74歳の前期高齢者の多くは国民健康保険に加入しています。このため、前期高齢者の患者負担を除く給付費について、国民健康保険と被用者保険との間の財政負担が不均衡になっています。この不均衡を是正するための財政調整として前期高齢者納付金を拠出することから、健康保険組合の負担が急増しています。
介護保険の費用として、介護保険を運営する市町村に対して交付される介護給付費交付金に充てるために、介護納付金を社会保険診療報酬支払基金に納付することになっています。
